Equipes projets
Présentation
Le PRABI-AMSB a pour ambition d'animer 3 équipes projets (a.k.a task force) afin de favoriser l'interaction entre les biologistes expérimentateurs et bioinformaticiens au sein de la FR Bioenvis et valoriser leur recherche.
L'objectif de ses équipes projet est de créer à terme un maillage local des compétences méthodologiques en bioinformatique sous forme d'un réseau d'experts scientifiques. Celà se fait sur des verroux identifiés en concertation avec les utilisateurs et les bioinformaticiens de la FR Bioenvis. Ces équipes projets ont pour finalité de stimuler la collaboration des personnels/étudiants des laboratoires et des plateformes, de péréniser les compétences et outils développés, de favoriser la mutualisation de ressources humaines et matérielles sur des thèmes fédérateurs émergents en bioinformatique. Ces équipes projets seront guidées par une approche pragmatique, conduites principalement par les données -omiques (banc d'essai de méthodes et de modèles, gestion des tâches, recherche reproductible, données ouvertes, fairification des données, etc.).
Un première action "infrastructure calcul et de stockage" est une collaboration avec le groupe calcul du LBBE/PRABI-Lyon-Grenoble (B. Spataro, S. Delmotte) et le NNCR IFB (C. Blanchet) pour les aspects liés au cloud académique en lien avec les utilisateurs de la FR Bioenvis.
Une deuxième action "ingénierie logicielle" se fera en collaboration avec N. Lartillot, P. Veber du LBBE, l'objectif sera de contribuer à la pérénisation, généricité des outils développées par les équipes de recherche en bioinformatique de la FR-Bioenvis. Cette action consistera notemment en l'organisation de formations et d'ateliers.
Une troisième action "plan de gestion des données (aka DMP - Data Management Plan) et des méta-données générées dans le cadre des projets de séquençage. Une étude pilote démarera en collaboration avec les partenaires du projet ANR Nega (L. Duret, T. Lefebure) et en coordination avec les actions de l'IFB (madmp4ls,maDMP) et de nos collaborateurs du pôle informatique du LBBE et du CCI2P3. L'objectif sera d'établir une procédure généralisable aux utilisateurs de la FRBioenvis permettant en amont d'un projet de sécuriser à moyen terme les données et méta-données des projets de séquençage avant leur soumission a plus long terme dans les archives publiques internationales (ENA, SRA, Geo etc...).
Un premier volet concernera l'assemblage de novo de lectures longues en collaboration avec le DTAMB et le groupe de travail Minion (G. Marais, LBBE).
Un deuxième volet concernera l'annotation de génomes eukaryotes/métagénomes.
L'animation de cette équipe se fera en collaboration avec les ingénieurs, enseignants-chercheurs et chercheurs travaillant sur la thématique des interactions hôtes-symbiontes au sein de la FR Bioenvis. Cette équipe projet aura un double objectif : (i) rapprocher d'une part les utilisateurs des méthodes implémentées par les équipes de recherche et (ii) rapprocher les données existantes ou à produire des modèles et des modélisateurs.
Task force COVID-19
Le PRABI-AMSB a ainsi rejoint dès sa création la task force vs COVID-19 de l'IFB afin de coordonner au mieux ses efforts avec la communauté nationale en bioinformatique et dans le but de constituer un catalogue national des ressources disponibles.
En tant que membre de l'EVBC (European Virus Bioinformatics Center) depuis 2018, le PRABI-AMSB a également contribuer en collaboration avec ses homologues européens à la constitution d'un catalogue européen des outils bioinformatiques utiles pour mieux comprendre la maladie COVID-19 et le nouveau coronavirus SARS-Cov2.
Faits marquants
VirHostNet 2.0 (SARS-cov-2 release). Une mise à jour de VirHostNet 2.0 (SARS-cov-2 release) a été lancée des les première alertes de la pandémie début janvier. Elle comprend une annotation exhaustive par biocuration de plusieurs centaines d'interactions décrites dans la littérature en complément de celles déjà répertoriées dans les archives publiques. Les données ont été appliquées à la prédiction in silico de l'interactome SARS-Cov-2/humain.Métatranscriptomes de patients COVID-19. Le PRABI-AMSB a mis à disposition une partie de son expertise et de son infrastructure en soutient du laboratoire VirPath (CIRI, Larence Josset) et plus particièrement dans l'analyse en temps réel des données de métatranscriptomes de patiens séquencés par la plateforme de séquençage des Hopitaux Civil de Lyon.
Modélisation du réseau de régulation ACE2. De manière ponctuelle le PRABI-AMSB apporte un support en virologie et en analyse de données RNA-seq dans le cadre du projet de modélisation du réseau de régulation ACE2 initié par Etienn Rajon du LBBE et ses collaborateurs au niveau de la FR Bioenvis (lien).
