Infrastructure numérique de Calcul et de Stockage



Présentation

Depuis sa création, le PRABI-AMSB mutualise ses ressources de calcul et de stockage avec le LBBE (ou inversement). En terme d'organisation, le pôle informatique du LBBE (Bruno Spataro, Stéphane Delmotte) assure l'administration systèmes des ressources, le PRABI-AMSB participe au support des utilisateurs et plus particulièrement dans le périmètre de la FR BioEEnvis. L'infrastructure est constituée d'une salle des serveurs à l'étage du PRABI-AMSB partagée avec le LBBE (services web et cloud) et de la salle du cluster dans le batiment Omega partagée avec la FLMSN.





la salle des serveurs

La salle des serveurs héberge nos services webs (galaxy.prabi.fr, virhostnet.prabi.fr) et notre serveur de développement (prabi-service) ainsi que le cloud girofle dévelopé par le LBBE en collaboration avec l'IFB dans le cadre de la fédération de cloud Biosphère.

http://galaxy.prabi.fr

Le service galaxy.prabi.fr a été crée en 2013 sur la demande des utilisateurs de la FR BioEEnvis, il est hébergé sur un serveur Dell Poweredge R920 présentant 64 coeurs, 1 To de RAM de mémoire vive et 23 To de disque dur, financé en partie par la plateforme, la FR BioEEnvis et le LECA. Le service est utilisé dans le cadre des formations dispensées par la plateforme, pour l'enseignement ainsi que pour la recherche. Depuis sa création plus de 1000 comptes utilisateurs ont été crées et le service compte une 60ène d'utilisateurs actifs. Le service galaxy.prabi.fr est utilisé pour les formations continues de la plateforme. Il est utilisé également par les enseignants de la FR BioEEnvis pour l'organisation de TP de bioinformatique (UE ADB, FROGS).
Notre stratégie est d'orienter progressivement nos utilisateurs vers le guichet national mis en place par le NNCR de l'IFB (usegalaxy.fr) et/ou vers le portail européen (usegalaxy.eu) pour un usage plus standard. Si certains outils ne sont pas disponibles sur les différentes instances publiques ou si les infrastructures disponibles ne sont pas adaptées à l'usage, nous accompagnerons les utilisateurs vers la création d'instances thématiques sur le cloud IFB.

Création de comptes - register

Liste de diffusion galaxy-user - register

Charte utilisateur galaxy.prabi.fr

Remerciements

"This work was performed using the galaxy.prabi.fr web service."





la salle du cluster

La salle du cluster de calcul et de stockage du batiment Omega est partagée avec la FLMSN et héberge notre ferme de calcul de 1032 Coeurs (104 CPU sur 27 noeuds de calcul) présentant 6,7 To RAM cumulée (dont deux machines bigmem à 1 To pour l'assemblage) ainsi que 400 To de stockage haute performance. Le cluster de calcul est composé d'un noeud principal ou frontal qui héberge le gestionnaire de batch slurm et de noeuds de calcul sur lesquels sont executés les jobs. Le cluster est en partie financée par le LBBE, le PRABI-AMSB et la FR BioEEnvis (maintenance, machine bigmem 1 To) avec un soutien ponctuel de nos tutelles UCBL1, INEE DIPEE CNRS. Fin 2023 - début 2024, notre infrastructure mutualisée a vocation de rejoindre le futur centre d'hébergement de données CCDD UCBL/INSA.

paraload

L'outils paraload développé par Dominique Guyot (PRABI-amsb, UCBL) permet d'automatiser l'ensemble des étapes liées à la paralélisation des calculs par les données. La répétition de jobs atomiques en bioinformatique (alignement de séquences, phylogénies, screening de molécules etc.) fait de paraload un allier de taille pour rationaliser, sécuriser et passer à l'échelle des traitements par lots de données (blast, clustalw, ...).

Paraload est disponible gratuitement sous licence CECILL et téléchargeable ici (paraload)

Remerciements

"This work was performed using the computing facilities of the CC LBBE/PRABI."

Publications remerciant le #ccprabilbbe sur Google scholar
Mutualisation des ressources informatiques

Nous encourageons vivement les chercheurs et enseignants chercheurs des laboratoires membres de la FR BioEEnvis dont les besoins en calcul et stockage sont important de contribuer à l'évolution de cette ressource partagée.

Vous souhaitez faire l'acquisition de gros materiel informatique (lame de calcul CPU/GPU, baie de stockage, serveurs) pour votre projet ?
Vous souhaitez répondre à une appel d'offre pour le financement d'un projet de recherche incluant une production massive de données et/ou des calculs importants ?

Nous vous invitons à nous contacter en amont du projet afin de vérifier la faisabilité de votre projet. Nous vous accompagneronts au mieux dans la configuration du matériel, dans l'élaboration d'un devis et l'écriture de votre projet.

Demande d'accès au cluster

Depuis 2019, l'accès aux cluster et aux ressources de stockage associées a été élargi à l'ensemble des personnels de la FR BioEEnvis. Un prérequis pour l'utilisation de ce service est de suivre la formation dispensée par le LBBE/PRABI-AMSB chaque année à l'automne. Des connaissances de base en programmation bash et des commandes Linux sont fortement souhaitées.

Création de compte - nous contacter.

Charte des utilisateurs

En utilisant l'infrastructure vous acceptez les conditions d'utilisation exposées dans la chartes des utilisateurs des ressources de caclul et de stockage du LBBE/PRABI-AMSB.

Charte utilisateur du cluster

Documentation
Statistique d'utilisation du cluster
Support Formation (slurm)
Ressources partenaires
L'Institut Français de Bioinformatique
L'IFB offre un service de calcul et de stockage:
Le CC-IN2P3.