L'équipe du PRABI-AMSB



Présentation

Les membres de la plateforme (3 ETP, 2IR, 1IE) ont acquis - depuis maintenant plus de 10 ans - une forte expertise en analyse de données "Next Generation Sequencing" (RNA-seq, métagénomique, assemblage de novo) ainsi qu'en génomique comparative (clustering construction de familles de gènes). Ils participent à une activité de valorisation de la recherche en bioinformatique au niveau de la FR bioenvis et plus particulièrement de transfert méthodologique vers les utilisateurs. Ils sont fortement impliqués dans la formation initiale et continue des étudiants et des personnels. Ils exercent au sein de la plateforme une activité de recherche et développement en bioinformatique couvrant la modélisation des systèmes virus/hôtes (virhostnet) ainsi que le calcul haute performance (paraload). Ils ont acquis des compétences complémentaires sur différents versants de la bioinformatique et une forte expertise dans plusieurs langages de programmation (bash, R/shiny/bioconductor, perl/bioperl, python/biopython, java, postgreSQL/plpgsql, C++, berkleydb, javascript etc.).

Organisation

Le responsable scientifique coordonne et anime l'activité scientifique de la plateforme en lien avec les différentes tutelles (CS et CU de la FR Bioenvis, Université de Lyon; CS PRABI; Infrastructure Française de Bioinformatique; European Virus Bioinformatique Center) et en collaboration avec le responsable technique et le responsable formation de la plateforme.
Le responsable technique pilote quant à lui les choix techniques liés à l'infrastucture informatique et les développements bioinformatiques en coordination avec le responsable scientifique et en concertation avec le pôle informatique du LBBE, les membres et les utilisateurs de la plateforme.
Le responsable formation organise l'activité de formation avec les membres de la plateforme en lien avec les organismes de formation des tutelles (Université de Lyon, CNRS, INRA, CEA) et les organismes partenaires (Bioscience and Co, service FOCAL, IFB) en fonction des besoins des utilisateurs.

Responsable Scientifique

Vincent Navratil, IR UCBL

Chef de projet en ingénierie des systèmes d'information, BAP E


  • Thématiques: virologie, biologie cellulaire, environnement, santé humaine
  • Compétences: Analyse de données RNA-seq, dual RNA-seq, métagénomique,métabonomique, interactomique, génomique comparative. Modélisation des réseaux biologiques.

  • Liens: personal website, github, twitter

Responsable Technique

Dominique Guyot, IE UCBL

Ingénieur biologiste en traitement de données, BAP A


  • Thématiques: évolution moléculaire, algorithmie, calcul haute performance
  • Compétences: Développement algorithmique et calcul haute performance en génomique comparative, réseaux biologiques, domaines protéiques. Génie logiciel.

  • Liens: github

Responsable Formation

Christine Oger, IR UCBL

Ingénieure biologiste en analyse de données, BAP A


  • Thématiques: Microbiologie, biologie végétale, environnement, santé humaine
  • Compétences: Analyse de données RNA-seq, métagénomique, metabarcoding, métatranscriptomique, génomique comparative, assemblage de novo. Biostatistiques. Planification expérimentale.
  • Liens:

Anciens membres

Guy Perrière (Directeur: 2010-2020); Christian Gautier (Directeur: 2006-2010)
Rémi Planel, Clothilde Deschamp, Guillaume Gence, Amandine Fournier, Thibaut Guirimand, Justine Picarle, Vincent Billy, Pauline Auffret, Marie Primout, Bruno Radisson, Guillaume Gence, Sylvère Bastien, Claudette Ah-Soon, Odile Rogier, Céline Keime, Johann Pellet, Aurélie Laugraud, Alexandre Dehne-Garcia, Emmanuel Prestat, Mohamed Diallo, Christelle Gobet, Sophie Huet, François Bartolo, Leonore Palmeira, Lauranne Duquenne