L'équipe du PRABI-AMSB
Responsable Scientifique
Vincent Navratil, IR UCBL
Chef de projet en ingénierie des systèmes d'information, BAP E
Liens: personal website, github, twitter
Responsable Technique
Dominique Guyot, IE UCBL
Ingénieur biologiste en traitement de données
Liens: github
Responsable Formation
Christine Oger, IR UCBL
Ingénieure biologiste en analyse de données
Responsable Cloud / IFB
Christophe Blanchet, IR CNRS, IFB-Core
Responsable du cloud Biosphere
Virome@tlas / ShapeMed
Elea Pauliat, IR UCBL1, CDD
Ingénieure bioinformatique
Virome@tlas / ShapeMed
Paul Tissot, IR UCBL1, CDD
Ingénieur géomatique
Présentation
Les membres de la plateforme (3 ETP permanents: 2 IR, 1 IE) ont développé - depuis maintenant plus de 10 ans - une forte expertise en analyse de données "Next Generation Sequencing" (RNA-seq, métagénomique, assemblage de novo) ainsi qu'en génomique comparative (clustering construction de familles de gènes). Ils participent à une activité de valorisation de la recherche en bioinformatique au niveau de la FR BioEEnvis et plus particulièrement de transfert méthodologique vers ses utilisateurs. Ils sont fortement impliqués dans la formation initiale et continue des étudiants et des personnels. Ils exercent au sein de la plateforme une activité de recherche et développement en bioinformatique couvrant la modélisation des systèmes virus/hôtes (virhostnet) ainsi que le calcul haute performance (paraload). Ils ont acquis des compétences complémentaires sur différents versants de la bioinformatique et une forte expertise dans plusieurs langages de programmation (bash, R/shiny/bioconductor, perl/bioperl, python/biopython, java, postgreSQL/plpgsql, C++, berkleydb, javascript etc.). Ils participent à la mise à disposition de ressources informatiques mutualisées LBBE/PRABI pour le traitement de donnée en sciences de la vie au niveau local et national en collaboration étroite avec le Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive et l'Institut Français de Bioinformatique avec le soutien financier de la FR BioEEnvis et de l'UCBL1.
Organisation
Le responsable scientifique coordonne et anime l'activité scientifique de la plateforme en lien avec les différentes tutelles (CS et CU de la FR BioEEnvis, Université de Lyon; CS PRABI; Infrastructure Française de Bioinformatique; Infrastructure France Génomique; European Virus Bioinformatique Center) et en collaboration avec le responsable technique et le responsable formation de la plateforme.
Le responsable technique pilote quant à lui les choix techniques liés à l'infrastucture informatique et les développements bioinformatiques en coordination avec le responsable scientifique et en concertation avec le pôle informatique du LBBE, les membres et les utilisateurs de la plateforme.
Le responsable formation organise l'activité de formation avec les membres de la plateforme en lien avec les organismes de formation des tutelles (Université de Lyon, CNRS, INRA, CEA) et les organismes partenaires (Bioscience and Co, service FOCAL, IFB) en fonction des besoins des utilisateurs.
IFB@PRABI
Le PRABI-AMSB héberge Christophe Blanchet (IR, CNRS, IFB-Core) reponsable de la fédération de cloud biosphere au sein de l'Institut Français de Bioinformatique ainsi que son équipe d'ingénieurs. La fédération de cloud biosphere est utilisée dans le cadre de projets de recherche scientifique en sciences de la vie pour le développement et en production mais également en support technique de nombreuses formations continues et initiales, hackhatons et workshops. Le cloud LBBE/PRABI girofle développé par Stéphane Delmotte du LBBE fait partie de cette fédération de cloud Biosphère. L'IFB, le PRABI et le LBBE collaborent étroitement dans le cadre de l'équipex+ MudiS4LS et du PEPR SAMS Cloud4SAMS pour le prototypage de bulles sécurisées dans le cloud pour permettre le traitement des données sensible en Santé Humaine. L'IFB contribue en partenariat avec le PRABI et le LBBE a la formation des utilisateurs membres de la FR BioEEnvis et de l'UCBL1 à l'utilisation des ressources du cloud biosphere.
Virome@tlas
Le projet Virome@tlas est lauréat de l'AAP Structurant ShapeMed@Lyon 2024-2028. Ce projet interdisciplinaire est co-porté par le PRABI, EVS/OMEAA, IVPC et le CIRI en collaboration avec le LBBE et l'IFB. Virome@tlas vise à une exploration large échelle de la biodivesité virale par une approche biogéographique des données massives de séquençage. Elea Pauliat (CDD IR UCBL1) et Paul Tissot (CDD IR UCBL1) ont été recrutés pour développer une plateforme numérique qui facilite d'une part l'intégration des données de séquençage et géographiques et d'autre part la structuration d'un consortium interdisciplinaire à l'interface du Numérique, de la Santé Humaine, Animale et des Territoires.
Anciens membres
Guy Perrière (Directeur: 2010-2020); Christian Gautier (Directeur: 2006-2010)
Tristan Hillairet (M2, EVS, OMEAA),
Flora Mottet (M2, LEHNA, MAP),
Jehanne Cordin (M1, LBBE),
Mayoran Raveendran (M1, EVS, OMEAA)
Clément Fraysse (CDD, EVS, OMEAA),
Mariana Lopez Gordillo (PhD, LBVPAM)
Enzo Calfapietra (M2, LBBE),
Gautier Debaecker (CDD, LEHNA)
Thomas Rambaud (M2, LEM),
Justine Picarle (M2),
Rémi Planel, (CDD, LBBE)
Clothilde Deschamp (CDI Ezus),
Guillaume Gence (CDD, LBBE),
Amandine Fournier (CDD),
Thibaut Guirimand (M1),
Vincent Billy(M2),
Pauline Auffret (M1),
Marie Primout (M1),
Bruno Radisson (M1),
Sylvère Bastien,
Claudette Ah-Soon,
Odile Rogier,
Céline Keime (IR, UCBL1),
Johann Pellet (CDD, CIRI),
Aurélie Laugraud,
Alexandre Dehne-Garcia,
Emmanuel Prestat,
Mohamed Diallo,
Christelle Gobet,
Sophie Huet,
François Bartolo (CDD, LBBE),
Leonore Palmeira (CDD, CIRI),
Lauranne Duquenne
