Accompagnement de projets bioinformatiques
Présentation
Une des activités principale de la plateforme est le support bioinformatique à la recherche en Sciences de la Vie. Nous travaillons à la frontière de plusieurs disciplines, les mathématiques, les biostatistiques, l'informatique et la biologie/médecine.
Les thématiques biologiques abordées par la plateforme et pour lesquelles nous avons acquis une expertise ces dernières années couvrent :
- l'étude de la biodiversité (variants génétiques, métagénomique),
- l'évolution moléculaire (famille de gènes),
- la réponse des organismes à l'environnement (réponse transcriptomique des organismes),
- la microbiologie, les interactions hôte-symbionte (système virus/hôte, microbiotes) et
- la santé humaine (mécanismes moléculaires, biomarqueurs de maladies).
Nous intervenons principalement dans l'accompagnement de projets d'analyse de données massives issue des approches "-omiques"
Nos domaines d'expertise en bioinformatique sont:
- l'analyse des données RNA-seq (de novo ou avec génome de référence),
- l'assemblage de novo de génome,
- la métagénomique/métatransciptomique environnementale ou en santé humaine,
- la construction de familles de gènes,
- la modélisation des réseaux biologiques,
- la biologie intégrative (couplage de données -omiques).
Nous intervenons également dans le cadre de projets de développement et de déploiement d'outils, bases de données et de services bioinformatiques (galaxy, shiny, trinotate, psicquic etc.).
La plateforme contribe finalement à la valorisation/transfert des développements bioinformatiques des chercheurs et enseignant chercheurs travaillant dans le périmètre de la plateforme (kissplice/kissDE, sexdetector, adegraphics etc.). Nous avons des compétences pousées dans plusieurs langages de programmation (R/shiny, perl, postgresql, c++, java) et pouvons conseiller les utilisateurs dans leur utilisation mais également dans l'installation des logiciels sous Linux (make, conda, docker/singularity).
Co-encadrement de personnel/stagiaire
Le co-encadrement de stagiaires et de CDD (ingénieurs, post-doctorants) par le personnel de la plateforme est une solution a envisager pour le lancement de nouveaux projets, la participation de la plateforme à des réponse à des appels à projets.
Projet d'automne du Master bioinfo@Lyon (Université de Lyon).
Chaque année l'équipe pédagogique du M1 bioinfo@lyon lance un Appel à projets d'automne pour le Master bioinfo@Lyon (niveau M1 et M2). Contactez nous, nous serons ravis de vous accompagner dans l'élaboration de vos projets et le co-encadrement de stagiaires.
Projet tutoré du DU DUBII (Université de Paris/IFB).
Le PRABI-AMSB peut vous acceuillir en immersion de 20 jours dans le cadre de votre projet tutoré du Diplôme Universitaire DUBII de luniversité de Paris, soutenu par l'Institut Français de Bioinformatique.
Partenariat AAP
Nous vous invitons à nous contacter en amont de vos projets. Nous vous accompagnerons dans la formalisation des questions biologiques posées, l'élaboration des plans expérimentaux, dans les choix méthodologiques et des moyens de calculs, dans l'anticipation des besoins en terme de stockage, dans le traitement bioinformatique et l'analyse biostatistique à proprement parler des données, l'encadrement de personnel/étudiants, la programmation, la valorisation des outils, des données ou connaissances produites. Compte tenu de sa position dans les réseaux nationaux (IFB, France génomique, IBISA) et européens (Elixir, EVBC), La plateforme peut être un atout de taille comme partenaire en réponse à des appels à projet (ANR, FRM, labex, equipex EU etc.).
